Родился 29 января в г. Орле в семье горного инженера. В Калуге он заканчивает классическую гимназию и реальное училище. В 1898 г. поступает в Императорское техническое училище, но через год его отчисляют за участие в студенческих волнениях. Едет в Петербург, поступает в Горный институт, но скоро его оставляет, возвращается в Москву и, снова успешно сдав экзамены, становится студентом юридического факультета университета, но, проучившись три года, бросает университет. Увлечение литературой становится делом всей жизни. В 1902 г. Борис Зайцев входит в московский литературный кружок «Среда». Первые успешные публикации открывают Зайцеву дорогу в любые журналы. Главным достоинством его рассказов, повестей, романов, пьес была радость жизни, светлое оптимистическое начало его мировидения.
В 1906 г. его знакомство с Буниным переходит в близкую дружбу, которая сохранится до последних дней их жизней, хотя временами они ссорились, впрочем, очень быстро мирясь. В 1912 г. он женится, рождается дочь Наташа. Среди этих событий личной жизни он завершает работу над романом «Дальний край» и приступает к переводу «Божественной комедии» Данте.
Зайцев подолгу живет и работает в отцовском доме в Притыкино Тульской губернии. Здесь получает весть о начале Первой мировой воины и повестку о мобилизации. Тридцатипятилетний писатель становится курсантом военного училища в Москве, а в 1917 г. - офицером запаса пехотного полка. Воевать ему не пришлось - началась революция. Зайцев пытается найти в этом разрушающемся мире место для себя, что дается с большим трудом, многое возмущает, оказывается неприемлемым. Он участвует в работе Московской просветительской комиссии. Далее радостные события (публикации книг) сменяются трагическими: арестован и расстрелян сын жены (от первого брака), умирает отец.
В 1921 г. его выбирают председателем Союза писателей, в этом же году деятели культуры вступают в комитет помощи голодающим, а через месяц их арестовывают и отвозят на Лубянку. Через несколько дней Зайцева освобождают, он уезжает в Притыкино и возвращается весной 1922 г. в Москву, где заболевает тифом. После выздоровления решает с семьей ехать за границу для поправки здоровья. Благодаря содействию Луначарского получает визу и покидает Россию. Сначала живет в Берлине, много работает, затем в 1924 г. приезжает в Париж, встречается с Буниным, Куприным, Мережковским и навсегда остается в столице эмигрантского зарубежья.
До конца своих дней Зайцев активно работает, много пишет, печатается. Осуществляет давно задуманное - пишет художественные биографии дорогих ему людей, писателей: «Жизнь Тургенева» (1932), «Жуковский» (1951), «Чехов» (1954). В 1964 г. он пишет последний свой рассказ «Река времен», который даст название и последней его книге.
21 января 1972 г. Зайцев скончался в Париже и был похоронен на кладбище Сен-Женевьев-де-Буа.